Komanda za obuku i doktrinu formirana je 1997. godine (još u vrijeme VF BiH), dok je u sastav OS BiH ušla reformom odbrane 2007. godine. U toj prvobitnoj, početnoj strukturi, KOiD OS BiH sastojala se od Centra za profesionalni razvoj, Centra za borbene simulacije i Centra za borbenu obuku. Novim formacijsko-organizacijskim strukturama OS BiH podrazumjevaju sve Centre za obuku u sastavu jedne komande, te shodno potrebama OS BiH u sastavu KOiD 2007. godine formiran je i Centar za osnovnu obuku.

Centar za obuku za operacije podrške miru formiran je 2004. godine i vođen je od strane Velike Britanije i 17 (sedamnaest) partnerskih zemalja. Od formiranja do danas ovaj centra je veoma značajna karika u sistemu međunarodne obuke kao NATO partnersko sjedište (2007.), regionalno sjedište za obuku (2009.) i UN akreditovani Centar (2012.). U strukturu OS BiH ušao je 2013. godine i postao petim centrom za obuku KOiD.

Odlukom MO BiH od 27.03.2014. godine, pri odjeljenju obuke KOiD uspostavljena je privremena sekcija za obuku iz oblasti skladištenja, čuvanja i održavanja MiMES. Sekcija se bavi obukom pripadnika OS BiH u rukovanju i skladištenju MiMES, KTP (kontrolno tehnički pregled), vizuelnim nadzorom nad municijom, delaboriranjem (uništenjem) municije, obukom vozača za prevoz opasnih materija, sigurnosni transport municije i obukom rukovaoca viljuškara za municiju.

Od 01.04.2016.godine u organski sastav KOiD OS BiH ulazi i Centar za protuminsko djelovanje i uništavanje neekspodiranih ubojnih sredstva. Ovaj Centar od 2014. godine djelovao je kao privremeno odjeljenje pri ZŠ OS BiH. Do 2014. godine bio je u sastavu bataljona za protuminsko djelovanje i uništavanje neekspodiranih ubojnih sredstava. Centar je loaciran u kasarni „Rajlovac“ u Sarajevu.