Zajednički štab Oružanih snaga BiH je stručni organ potčinjen ministru odbrane i u svom sastavu ima:

• operacije sa tri uprave i verifikacijskim centrom,
• resurse sa četiri uprave,
• odjeljenje za podršku,
• ured za vojnu policiju i
• Dom Oružanih snaga.

Zajedničkim štabom rukovodi i komanduje načelnik Zajedničkog štaba generalpukovnik Senad Mašović koji ima svoja dva zamjenika: generalmajora Ivicu Jerkića - zamjenika za operacije i generalmajora Gojka Kneževića - zamjenika za resurse.

Zajedničkom štabu podređene su Operativna komanda i Komanda za podršku. 

Operativna komanda u svom sastavu ima:

• tri pješadijske brigade (Banja Luka, Čapljina i Tuzla) koje u svom sastavu imaju po tri pješadijska bataljona, jedan artiljerijski bataljon, izviđačku četu, vod vojne policije i vod veze.
• Brigadu taktičke podrške (Sarajevo) koja u svom sastavu ima bataljon veze, inžinjerijski bataljon, vojno-obavještajni bataljon, deminerski bataljon, bataljon vojne policije, oklopni bataljon, četu ABHO i vod veze.
• Brigadu zračnih snaga i protivzračne odbrane (Banja Luka) čine 2 helikopterska skvadrona, bataljon letačke podrške, bataljon protivzračne odbrane, bataljon zračnog osmatranja i javljanja i avijacijsku eskadrilu.

Komanda za podršku u svom sastavu im:

• Komandu za upravljanje personalom (Banja Luka),
• Komandu za obuku i doktrinu (Travnik) i
• Komandu logistike (Doboj).